У меня тоже аналогичные проблемы стали возникать с пропаданием писем у многих пользователей после перевода всех папок с mbox на sliced .
Сервер Linux запущен в KVM , при выключении сервера процесс CGServer бывает очень долго висит и не завершается , сервер гасится . При следующем запуске сервера наблюдаем множество потерянных писем :(

On Fri, 5 Feb 2016 14:00:08 +0300
 "Roman Putyatin" <CGatePro@ru.stalker.com> wrote:
>05.02.2016 13:50, Dmitry Akindinov пишет:
>> Здравствуйте.
>>
>> On 2016-02-05 12:00 , Roman Putyatin wrote:
>>> Доброго времени суток.
>>>
>>> CGP 6.1.0,  Linux Server release 6.6 внутри VMWare.
>>>
>>> Все мейлбоксы - sliced.
>>>
>>> После падения/перезагрузки контроллера (vSphere ESX) получили у части
>>> пользователей потерю почты за, примерно, полдня.
>>> В логах -
>>>
>>> 23:30:50.42 1 MAILBOX(user@domain/Folder1) recorded mailbox size was
>>> 423381161. Corrected to 423303760
>>> 23:30:50.42 1 MAILBOX(user@domain/Folder1) recorded number of messages
>>> was 9946. Corrected to 9941
>>> 23:30:50.42 1 MAILBOX(user@domain/Folder1) recorded number of UNSEEN
>>> messages was 5. Corrected to 3
>>> 23:30:57.25 1 MAILBOX(user@domain/Folder2) recorded mailbox size was
>>> 814022961. Corrected to 813971211
>>> 23:30:57.25 1 MAILBOX(user@domain/Folder2) recorded number of messages
>>> was 17885. Corrected to 17869
>>> 23:30:57.25 1 MAILBOX(user@domain/Folder2) recorded number of UNSEEN
>>> messages was 10. Corrected to 7
>>> 23:32:06.58 1 MAILBOX(user@domain/Folder3) recorded mailbox size was
>>> 816742. Corrected to 818570
>>> 23:32:06.58 1 MAILBOX(user@domain/Folder3) recorded number of messages
>>> was 158. Corrected to 159
>>> 23:32:06.58 1 MAILBOX(user@domain/Folder3) recorded number of UNSEEN
>>> messages was 149. Corrected to 150
>>>
>>>
>>> Хочется понять что случилось с почтой и как в дальнейшем минимизировать
>>> такие потери.
>>> При падении не были закрыты дата-файлы? Или это какое-то кеширование?
>>
>> Да, на момент падения файлы данных папок оказались открыты и не
>> синхронизированы на диск.
>>
>>> Можно как то заставить CGP принудительно закрывать файлы (да, с потерей
>>> призводительности) и/или скидывать кэши на диск?
>>
>> Таких механизмов нет. Вообще странно, что произошло такое массовое
>
>ох ох.. очень жаль.
>
>> повреждение папок. Это действительно произошло сразу со многими папками
>> в одном аккаунте? Этот аккаунт используется для совместного доступа?
>> []
>
>Это только пример. Таких повреждений - в 1182 папках в 388 аккаунтах.
>Эти папки не используются для совместного доступа.
>В большинство из них письма кладутся серверными правилами.
>
>
>--
>С уважением,
>Роман Путятин
>
>Компания "Инфосистемы Джет"
>
>##################################################################
>Вы получили это сообщение потому, что подписаны на список рассылки
>  <CGatePro@ru.stalker.com>.
>
>Чтобы отписаться, отправьте сообщение на адрес <CGatePro-off@ru.stalker.com>
>Чтобы переключиться в режим дайджеста - mailto:<CGatePro-digest@ru.stalker.com>
>Чтобы переключиться в индексный режим - mailto:<CGatePro-index@ru.stalker.com>
>Для административных запросов адрес <CGatePro-request@ru.stalker.com>
>Архив списка: http://ru.stalker.com/lists/CGatePro/list.html
>
>